Mokslinių interesų sritys
Šeimininko–patogeno sąveikos, CRISPR, genomo redagavimas, CRISPR screening technologijos, bakteriniai toksinai, funkcinė genomika/transkriptomika, C. elegans, metagenomika.
Pagrindinės veiklos / tyrimų kryptys
- Šeimininko–patogenų sąveikos, daugiausia dėmesio skiriant patogeninėms bakterijoms ir jų toksinams
- CRISPR screening technologijų vystimas
- C. elegans ir laukinių nematodų sąveikos su bakterijomis
- C. elegans genetika
- Bakterijų metagenomika
Mokslinė veikla
- CRISPR screening:
Viso genomo mąsto CRISPR knock-out screening
Viso genomo mąsto CRISPR activation screening
Viso transkriptomo mąsto CRISPR knock-down screening - Bakteriniai toksinai
Nuo cholesterolio priklausomi citolizinai
TlyC hemolizinai
Difterijos ir choleros toksinai - Bakterijų metagenomika
CRISPR-Cas sistemų ekologija
Naujų CRISPR-Cas sistemų paieška
Toksinų paieška
Fermentų paieška
Naudojami metodai, infrastruktūra
- Ląstelių kultūra + virusų paruošimas / transdukcijos
- CRISPR / RNAi screening
- Genomika ir transkriptomika (WGS, RNA-seq, sRNA-seq)
- Tėkmės citometrija (FACS)
- Naujos kartos sekoskaita (Illumina, Element, Ultima)
- Fluorescencinė mikroskopija
- Bioinformatika / didelio našumo analizės (HPC) (RNA-seq, genomo surinkimas, variantų nustatymas, eQTL analizė, baltymų identifikavimas, metagenomo analizė)
Bendradarbiavimas
KU Leuven, Rega Institutas, Belgija
The University of Glasgow, Škotija, JK
The Rockefeller University, JAV
Darbuotojai
|
Mokslinis laipsnis |
Vardas, Pavardė |
Kontaktai |
|
Dr. |
Gediminas Drabavičius (laboratorijos vadovas) |
|
|
|
Aušrinė Junčytė | |
Informacija norintiems bendradarbiauti
Bendradarbiavimo ir paslaugų kryptys: šeimininko-patogenų sąveikos tyrimų laboratorija tiria bakterijų ir kitų patogenų sąveikos su šeimininko ląstelėmis (Žmogaus, nematodų, bakterijų) pasitelkdama genų inžinerijos ir CRISPR screening technologijas. Laboratorija teikia paslaugas ir bendradarbiauja šiose srityse: genų inžinerija žinduolių ląstelėse (CRISPR), Genome-wide CRISPR screening (CRISPR KO, activation), naujos kartos sekoskaita ir analizė, genomo inžinerijos bei CRISPR screening konsultacijos.
Raktažodžiai: CRISPR; genome-wide screening; Cas9; Cas12; Cas13; naujos kartos sekoskaita; toksinai; C. elegans; lentivirusai; transdukcija.
Dėl bendradarbiavimo ir partnerysčių Transliacinių sveikatos tyrimų institute, kreipkitės el. paštu: